به دنبال تأسیس دانشگاه جیرفت در راستای سیاست‌های نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران در بخش آموزش عالی، در سال 1389 دانشکده علوم پایه با راه‌اندازی رشته زیست‌شناسی آغاز به کار کرد. این دانشکده با همکاری دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی کشور توانست کادر هیئت علمی خود را در زمینه‌های مختلف تأمین کند. و از سال 1390 با افزایش کادر هیأت علمی و پذیرش دانشجو و گسترش رشته‌های موردنیاز، به طور مستقل فعالیت خود را شروع نموده و شامل بخش‌های زیست‌شناسی، شیمی و ریاضی می‌باشد. که در حال حاضر با رشته‌های زیست گیاهی، شیمی محض، شیمی کاربردی و ریاضیات کاربردها به کار خود ادامه می‌دهد. دانشکده علوم پایه به سرپرستی اعضای هیئت علمی برجسته و همکاری دانشجویان و همکاری دانشکده‌های دیگر و کارشناسان و کارکنان توانمند به تولید علم در مرزهای دانش و فناوری‌های نوین در حوزه‌های مختلف علوم پایه می‌پردازد. دانشکده از طریق توسعه پژوهش‌های بنیادی و کاربردی و ایجاد فضای رقابتی علمی نسبت به نیازهای علمی جامعه و صنعت مشغول بوده و تلاش می‌کند با کسب و حفظ برتری علمی خود در کشور، به بهبود و ارتقاء آن در سطح جهانی بپردازد. از شاخصه‌های علمی این ادعا، نشر مقالات کیفی در مجلات معتبر علمی پژوهشی بین‌المللی و کسب رتبه‌های علمی در پایگاه‌های معتبر را می‌توان بیان نمود؛ به‌طوری که هر ساله تعدادی از آثار این محققین به عنوان آثار برجسته توسط مؤسسات علمی بین‌المللی معرفی می‌گردند.